O Equipe teve início no final de 1968, atuando a princípio como curso preparatório para vestibular, formado por professores que haviam saído do Cursinho do Grêmio da Filosofia, da USP.
Desse núcleo, formou-se em 1972 o Colégio Equipe, que, três anos mais tarde, ampliou sua atuação incorporando as séries do antigo ginásio (5ª a 8ª série). Em 1994, passou a trabalhar também com alunos da Educação Infantil e do Ensino Fundamental I (1ª a 4ª série).
Espaço privilegiado de ensino e resistência democrática nos anos de autoritarismo, o Colégio Equipe foi uma referência importante no processo de abertura política do país, através de seus posicionamentos e, principalmente, de seu trabalho educacional fundamentado no pensamento crítico e participativo de alunos e professores.
Parte da equipe de professores do núcleo inicial continua na direção pedagógica da escola e na sala de aula, incorporando os novos educadores no método de ensino-aprendizagem do Colégio.